Die Menschheit hat sich über die gesamte Galaxis ausgebreitet, doch Frieden gibt es nur aufgrund des fragilen Gleichgewichts der miteinander konkurrierenden Fraktionen. Für dieses Gleichgewicht sorgen die ‚Anima', mächtige, als unbesiegbar geltende Kriegsschiffe, die von ihren Kommandanten Kraft ihrer Gedanken gesteuert werden. Eines Tages stößt der Pilot Matthew River während einer unfreiwilligen Expedition auf das einzige Anima, das jemals verloren gegangen ist: Es taucht wie aus dem Nichts in einer entlegenen Region des Alls auf - und birgt ein schreckliches Geheimnis. Noch während Matthew versucht, dem Schicksal des mysteriösen Schiffs auf den Grund zu gehen, muss er erkennen, dass es nur der Vorbote einer uralten Bedrohung aus den Tiefen des Alls ist - und das zu einem Zeitpunkt, an dem die Menschheit am Rande eines neuen Bürgerkriegs steht, der alles vernichten könnte.
